慢性菌痢可能是急性期治療不徹底、營養不良、腸道寄生蟲感染、腸道菌群失調、自身免疫力低下等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有規範抗菌治療、加強營養、驅蟲治療、調節腸道菌群、增強免疫力等。
1. 急性期治療不徹底：急性菌痢治療時若未按療程足量用藥，細菌未被徹底清除，就易轉為慢性。應重新評估病情，選用敏感抗菌藥物，如遵醫囑使用諾氟沙星膠囊、鹽酸小檗鹼片、復方磺胺甲惡唑片，嚴格按療程用藥，確保細菌被徹底消滅。
2. 營養不良：身體缺乏足夠營養物質，會影響腸道黏膜修復及免疫系統功能，使病情遷延不愈。需加強營養攝入，保證蛋白質、維生素等均衡，必要時遵醫囑補充營養制劑，如腸內營養粉劑、多維元素片、氨基酸膠囊，促進身體恢復。
3. 腸道寄生蟲感染：腸道內寄生蟲會破壞腸道黏膜，影響腸道正常功能，干擾菌痢恢復。進行糞便檢查確定寄生蟲種類後，遵醫囑使用阿苯達唑片、吡喹酮片、甲苯咪唑片驅蟲，消除寄生蟲對腸道的不良影響。
4. 腸道菌群失調：長期使用抗生素等可破壞腸道正常菌群平衡，利於痢疾桿菌生存繁殖。可遵醫囑服用雙歧桿菌四聯活菌片、地衣芽孢桿菌活菌膠囊、布拉氏酵母菌散調節腸道菌群，重建腸道微生態平衡。
5. 自身免疫力低下：免疫力差難以有效清除痢疾桿菌。可通過適當運動、規律作息提高免疫力，必要時遵醫囑使用轉移因子口服液、匹多莫德顆粒、胸腺肽腸溶片增強免疫功能。
治療期間要注意休息，避免勞累，飲食上選擇清淡、易消化食物，避免食用辛辣、油膩、刺激性食物，同時要注意腹部保暖，定期復查，以便醫生及時調整治療方案。
