阿米巴肝膿腫需要與膽囊炎、肝囊腫、細菌性肝膿腫、血吸蟲病、肝癌等疾病鑒別。
1.膽囊炎：是一種常見的膽道疾病，起病急，右上腹痛常陣發性加劇，且常有反復發作史。黃疸多見且較深，但肝腫大不顯著，膽囊區壓痛明顯。通過膽囊造影及十二指腸引流等檢查方法，可以清晰地顯示膽囊的病變情況，從而與阿米巴肝膿腫進行鑒別。
2.肝囊腫：是一種良性肝疾病，分類有很多種，最常見的是先天性肝囊腫。雖然肝囊腫與阿米巴肝膿腫在臨床表現上有所不同，但遇到慢性阿米巴肝膿腫而不明顯臨床表現者，或肝囊腫伴感染者，二者之間的鑒別就較為困難。此時，超聲顯像與穿刺所得膿液的特徵可以提供重要的鑒別依據。
3.細菌性肝膿腫：是肝臟受到細菌感染引起的化膿性病變。與阿米巴肝膿腫相比，細菌性肝膿腫患者的毒血症症狀更為顯著，如寒戰、高熱等。肝臟腫大不顯著，局部壓痛比較輕，一般無局部的隆起。膿液少，黃白色，細菌培養可獲陽性結果。通過經皮穿刺取材作細菌培養或病理學檢查，可以明確區分這兩種疾病。
4.血吸蟲病：在血吸蟲病流行區域，肝阿米巴病容易被誤診為急性血吸蟲病。兩者均有發熱、腹瀉、肝腫大等表現，但血吸蟲病的肝區疼痛較輕，脾腫大較顯著，血象中嗜酸粒細胞顯著增加。乙狀結腸鏡檢查時可見蟲卵可溶性抗原，這有助於將兩者進行鑒別。
5.肝癌：肝癌與阿米巴肝膿腫在臨床表現上有諸多相似之處，如發熱、消瘦、右上腹痛、肝腫大等。但阿米巴肝膿腫的體溫通常較高，肝痛較為明顯。而且，癌腫肝臟的質地較堅硬，並伴有結節。通過甲胎蛋白的測定、B超檢查、腹部CT、放射性核素肝掃描、肝動脈造影等輔助檢查，可以明確診斷。此外，肝穿刺及抗阿米巴藥物治療試驗也有助於鑒別兩者。
對於阿米巴肝膿腫患者，應密切監測其生命體徵和病情變化，及時給予有效的治療。同時，注意保持患者的營養和水分攝入，避免過度勞累和情緒波動。對於需要手術治療的患者，應做好術前準備和術後護理，以促進患者的康復。
