咽喉炎發低燒不退可能與急性感染未有效控制、合併鄰近部位感染、特殊病原體感染、慢性咽喉炎急性發作伴基礎免疫異常、咽喉部特殊病變等有關。
1.急性感染未有效控制：咽喉炎多由病毒或細菌感染引起，若感染未得到及時規範治療，病原體持續繁殖，可導致炎症遷延不愈，進而引發持續性低燒；部分病毒如流感病毒、EB病毒或耐藥細菌感染，也可能使體溫波動於低燒範圍且難以快速消退。
2.合併鄰近部位感染：咽喉部與鼻腔、鼻竇、扁桃體、氣管等部位相鄰，若咽喉炎同時合併鼻竇炎、扁桃體炎、急性支氣管炎等鄰近部位感染，感染灶相互影響，炎症持續存在，可導致低燒不退；例如鼻竇炎分泌物倒流刺激咽喉，同時鼻竇內感染未控制，雙重炎症可引發持續低熱。
3.特殊病原體感染：除常見病毒、細菌外，支原體、衣原體、真菌如念珠菌等特殊病原體感染也可引起咽喉炎，此類感染症狀相對隱匿，常規抗感染治療效果不佳，易導致低燒持續；例如支原體感染可引起上呼吸道炎症，表現為長期低燒伴咽喉不適，常規抗生素如青霉素類無效。
4.慢性咽喉炎急性發作伴基礎免疫異常：本身存在慢性咽喉炎者，若合併基礎免疫功能低下如糖尿病、長期使用免疫抑制劑、營養不良，急性發作時感染難以局限，炎症持續時間延長，可出現低燒不退；免疫異常使機體清除病原體能力下降，導致感染遷延不愈。
5.咽喉部特殊病變：咽喉部結核、咽喉部真菌感染如隱球菌等罕見病變可表現為咽喉炎症狀伴低燒，此類病變多有基礎疾病如肺結核病史、長期使用抗生素，常規抗感染治療無效，需通過病原學檢查明確診斷；部分咽喉部早期腫瘤合併感染也可能出現低燒，但較為罕見。
日常需注意保持咽喉濕潤，避免辛辣刺激食物及過度用嗓，若低燒持續超過3天或伴隨咽喉疼痛加重、呼吸困難等症狀，應及時就醫完善血常規、病原學檢查等，明確病因後規範治療，切勿自行濫用抗生素，以免延誤病情或導致耐藥。
