不存在治療心臟植物神經紊亂最好的藥。因為每個患者的具體病情、身體狀況以及對藥物的反應都有所不同，適合的藥物也因人而異。
對於心臟植物神經紊亂的用藥，通常會從調節神經功能方面入手。谷維素是較為常用的藥物，它能調整植物神經功能，改善內分泌平衡障礙及精神神經失調症狀，有助於緩解患者出現的心慌、失眠等不適。維生素B族也常被使用，像維生素B1、B6、B12等，它們參與體內多種代謝過程，對神經系統的正常運作有重要作用，可輔助調節神經功能，減輕焦慮情緒。
當患者伴有明顯的焦慮、抑鬱情緒時，可能會使用抗焦慮、抑鬱的藥物。比如選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑SSRI中的帕羅西汀、捨曲林等，這些藥物能有效改善患者的不良情緒，進而緩解因情緒問題引發的心臟不適症狀。若患者心慌症狀較為突出，在排除心臟器質性病變後，可適當應用β受體阻滯劑，如美托洛爾等，幫助減慢心率，減輕心慌的感覺。
在用藥過程中，要嚴格按照醫生的囑咐按時、按量服藥。不能自行增減藥量或突然停藥，以免影響治療效果或引發不良反應。同時，要注意觀察自身症狀的變化，若症狀持續不緩解或出現新的不適，應及時就醫，以便醫生根據實際情況調整治療方案。
