不存在治療性功能時間短最好的藥。性功能時間短受多種因素影響，用藥需根據具體病因個體化選擇。
心理因素是常見原因之一。長期壓力大、焦慮、抑鬱等不良心理狀態，可能幹擾神經調節，導致性功能時間短。這種情況一般不直接用藥，可先進行心理疏導，必要時使用抗抑鬱、抗焦慮藥物，如捨曲林、帕羅西汀等，它們能調節大腦神經遞質，改善心理狀態，間接提升性功能。
局部敏感度過高也會引發此問題。陰莖頭敏感度高，性生活時容易快速射精。對於這類患者，可外用復方利多卡因凝膠等局部麻醉藥，降低陰莖頭的敏感性，延長性交時間。
一些慢性疾病如糖尿病、高血壓等，會損害神經和血管功能，影響性功能。以糖尿病為例，血糖長期控制不佳，會使神經纖維變性而失去功能，導致性功能障礙。治療時，需積極控制原發病，如使用二甲雙胍控制血糖，同時可配合營養神經的藥物如甲鈷胺等，改善神經功能，對性功能恢復有一定幫助。
中醫中藥在改善性功能時間短方面也有一定作用。對於腎虛引起的情況，可根據腎陰虛或腎陽虛的不同，分別選用六味地黃丸、金匱腎氣丸等進行調理。
無論選擇哪種藥物，都要在專業醫生指導下進行。自行用藥可能因藥不對症延誤病情，還可能引發不良反應。用藥過程中要嚴格按醫囑劑量和療程使用，定期復查，以便醫生根據治療效果及時調整治療方案。
