咬合關節疼能否自愈取決於具體病因和病情嚴重程度。如果是因過度咀嚼、疲勞、輕微外傷等引起的輕度疼痛，通過適當休息和自我護理，有可能自愈；但若是由顳下頜關節紊亂綜合徵、關節炎、關節脫位等較為嚴重的疾病導致，則通常難以自愈，需要專業治療。
對於因輕微因素導致的咬合關節疼，身體自身具有一定的修復能力。比如短期過度咀嚼硬物後，關節周圍肌肉疲勞產生疼痛，只要停止過度使用關節，讓其得到充分休息，同時配合局部熱敷等舒緩措施，肌肉放鬆後疼痛可能逐漸緩解，一般經過幾天到幾周時間，關節功能可恢復正常，疼痛自愈。
若是顳下頜關節紊亂綜合徵等情況，關節結構發生了改變，如關節盤移位、關節面磨損等，或者是類風濕性關節炎累及顳下頜關節，這些病理變化不會自行逆轉。病情往往會隨著時間推移逐漸加重，不僅疼痛持續，還可能出現張口受限、關節彈響等更多症狀，嚴重影響生活質量，必須依靠專業的口腔頜面外科或康復科醫生進行診斷和治療，如通過物理治療、咬合板矯正、藥物治療甚至手術等方法來緩解疼痛、恢復關節功能。
如果出現咬合關節疼且持續不緩解或伴有張口困難、面部腫脹、發熱等症狀，應盡快前往醫院口腔科或口腔頜面外科就診，以便醫生準確判斷病因並制定合適的治療方案。
