慢性腸胃炎的確診通常需要借助多種檢查手段，常見的有胃鏡檢查、腸鏡檢查、大便常規及潛血試驗、血液檢查、消化道鋇餐等。
1. 胃鏡檢查：通過將帶有攝像頭的纖細管子經口腔插入胃部，醫生能直接觀察食管、胃和十二指腸內部的情況，清晰看到胃黏膜是否存在炎症、潰瘍等病變，還可取組織進行病理檢查，明確病變性質，對慢性腸胃炎的診斷和鑒別診斷有重要意義。
2. 腸鏡檢查：把結腸鏡從肛門插入，可觀察直腸、結腸直至回盲部的腸道黏膜狀態，能發現腸道的炎症、息肉、腫瘤等病變，對於慢性腸炎的診斷、病情評估很關鍵，同樣可取組織做病理分析輔助診斷。
3. 大便常規及潛血試驗：這是一項簡單且常用的檢查。通過對大便的外觀、性狀、細胞成分等進行分析，查看是否有白細胞、紅細胞、寄生蟲卵等，潛血試驗可檢測大便中是否有肉眼看不見的血液，有助於判斷腸道是否存在炎症、出血等情況。
4. 血液檢查：一般包括血常規、血生化等項目。血常規可瞭解白細胞、紅細胞、血小板等數量和形態，判斷是否有感染、貧血等；血生化檢查能檢測肝腎功能、電解質、血糖等指標，評估患者整體身體狀況，為慢性腸胃炎的診斷提供參考依據。
5. 消化道鋇餐：患者口服含有硫酸鋇的造影劑後，利用X線檢查，可觀察食管、胃、小腸等部位的形態、結構，能發現一些黏膜病變和胃腸道的蠕動情況，對慢性腸胃炎的診斷有一定幫助，但相比胃鏡和腸鏡，其準確性稍低。
在進行這些檢查前，要按照醫生的指示做好準備工作。比如胃鏡檢查前需禁食禁水一定時間，腸鏡檢查前要進行腸道準備以保證腸道清潔。檢查後要注意休息，根據檢查結果和醫生的建議進行後續的治療和調養，若出現不適症狀應及時就醫。
