心臟穿孔一般無法自愈，但是需要結合實際的病情進行判斷。
心臟穿孔常見於先天性心臟病、心肌梗死、外傷等因素，受這些病情影響，一旦心臟穿孔發生後，由於心肌組織自愈能力有限，無法對大面積的損傷進行修復，此種心臟穿孔不能自愈，需要採取適當方法進行治療，及時治療可降低生命危險。對於心臟穿孔可通過對穿孔進行修補，也可採取修補手術在一定程度上恢復心臟的功能，手術後雖然可以維持生命，但是心臟功能會下降。
某些新生兒心臟會存在小孔，此種情況是由於卵圓孔未閉造成，屬於一種先天性心臟病，一般在2個月到3歲左右即可自行恢復，恢復後不會對個人產生太大的影響，這種病情是可以自愈的。但是如果3歲之後尚未完成愈合，可能會造成體內發生血栓，引起偏頭痛或是腦卒中的發生。
心臟穿孔屬於急性病情，在急救完成之後需要定期對心功能進行檢查，以免由於手術過程中導致局部損傷引起其他併發症。
