室間隔缺損由於在心臟室間隔部位存在交通口，左心室壓力遠遠高於右心室，因此在心室水平會產生由左心室向右心室的血液分流，也叫左向右的分流。分流量多少取決於室間隔缺損的大小。大的室間隔缺損，由左心室分流進入右心室的血液加上右心室自身回流來的血液，大量湧入肺動脈，使肺循環的血流量顯著增多。
這部分血液經過肺循環後又回流入左心房和左心室，然後又重復前次循環的情況，通過室間隔缺損又分流進入右心室，再進入肺循環，如此不斷往復。大量左向右分流的後果是左右心室的負荷均增加而逐漸出現左右心室增大。肺循環血流量增多，負荷過重而導致肺動脈壓力增高。這種循環負荷過重的情況如果長期未糾正的話，最終進入阻塞性肺動脈高壓期，可出現雙向或右向左分流。
