輕微腦炎一般不一定會留下後遺症。輕微腦炎病情相對較輕，對腦部組織的損傷有限，若能及時有效治療，多數患者可恢復良好，不遺留明顯問題。但也有部分患者因個體差異等因素，可能出現一些後遺症。
輕微腦炎是因病原體侵犯腦實質引發的炎症。當炎症程度較輕微時，腦部神經細胞受損範圍小、程度輕，在積極治療干預下，身體有較大可能將受損組織修復，從而不出現後遺症。若治療不及時、不規範，或者患者自身免疫力較差等，炎症可能持續對腦部造成損害，就可能出現諸如認知功能下降、癲癇發作、運動障礙等後遺症。
後遺症的出現還與病原體種類有關。比如病毒感染引發的輕微腦炎，部分病毒對神經細胞有特殊親和力，即便炎症輕微，也可能在一定程度上影響神經功能。
在恢復期間，要保證充足休息，讓身體有足夠能量進行恢復。飲食上，多攝入富含營養的食物，如蛋白質、維生素豐富的食物，增強機體抵抗力。同時，需按照醫生要求定期復查，以便及時發現潛在問題並處理，最大程度降低後遺症發生的可能性。
