假膜性腸炎的治療方法主要有停用相關抗生素、藥物治療、調整腸道菌群、支持治療、手術治療等。
1. 停用相關抗生素：假膜性腸炎多由使用抗生素後腸道菌群失調，艱難梭菌大量繁殖產生毒素所致。停用誘發疾病的抗生素，可減少對腸道正常菌群的進一步破壞，消除艱難梭菌過度生長的誘發因素，為腸道菌群恢復創造條件，從而緩解假膜性腸炎症狀。停用可能導致假膜性腸炎的抗生素，如林可霉素、克林霉素等，避免繼續使用加重腸道菌群紊亂。
2. 藥物治療：針對假膜性腸炎，常用的藥物有甲硝唑片、萬古霉素膠囊、 fidaxomicin 片。甲硝唑片能抑制厭氧菌生長，對艱難梭菌有較好的抗菌活性，可口服，一般每日 3 - 4 次，通過抑制細菌的脫氧核糖核酸代謝過程發揮作用。萬古霉素膠囊口服後不被腸道吸收，在腸道內保持高濃度，能有效抑制艱難梭菌，通常每 6 小時服用一次，可阻礙細菌細胞壁合成達到殺菌效果。fidaxomicin 片對艱難梭菌有高度選擇性，能抑制細菌 RNA 聚合酶，用法為每日 2 次，有助於控制病情。
3. 調整腸道菌群：假膜性腸炎破壞了腸道正常菌群平衡，補充有益菌可重建腸道微生態。雙歧桿菌四聯活菌片、地衣芽孢桿菌活菌膠囊、布拉氏酵母菌散等可調節腸道菌群。雙歧桿菌四聯活菌片含有多種腸道有益菌，口服後能在腸道內定植，抑制有害菌生長。地衣芽孢桿菌活菌膠囊能產生多種抗菌物質，調整腸道生態環境。布拉氏酵母菌散可抑制腸道病原菌生長，增強腸道屏障功能，促進腸道功能恢復。
4. 支持治療：假膜性腸炎患者常因腹瀉、嘔吐等出現脫水、電解質紊亂及營養不良等情況。通過靜脈輸注生理鹽水、葡萄糖溶液等補充水分和電解質，維持水、電解質平衡。對於營養狀況差的患者，可給予腸內營養或腸外營養支持，保證患者攝入足夠的能量、蛋白質等營養物質，增強機體抵抗力，有助於身體恢復，改善假膜性腸炎患者的整體狀況。
5. 手術治療：少數嚴重的假膜性腸炎患者，如出現腸梗阻、腸穿孔、中毒性巨結腸等嚴重併發症時需手術治療。切除病變腸段可迅速去除感染病灶，防止病情進一步惡化。但手術風險較高，需綜合評估患者身體狀況。手術方式包括腸切除吻合術、腸造口術等，術後需密切觀察患者生命體徵及腸道功能恢復情況。
治療期間要嚴格按照醫生要求用藥，保證藥物劑量和療程足夠。飲食上選擇清淡、易消化食物，避免食用刺激性食物加重腸道負擔。密切關注自身症狀變化，如腹瀉、腹痛等症狀是否緩解，若出現病情加重或新的不適，及時告知醫生調整治療方案 。
