不存在治療肥厚型心肌病最好的方法，因為治療方案需依據患者具體病情、症狀及身體狀況等多方面因素綜合制定。
藥物治療是基礎。β受體阻滯劑能減慢心率、降低心肌耗氧量，緩解呼吸困難、胸痛等症狀，還可改善心肌舒張功能。非二氫吡啶類鈣通道阻滯劑，如維拉帕米，也有助於改善舒張功能，減輕流出道梗阻。對於伴有心力衰竭症狀的患者，可使用利尿劑減輕心臟負荷。
對於藥物治療效果不佳、存在嚴重流出道梗阻的患者，可考慮手術治療。室間隔切除術是切除部分肥厚的室間隔心肌，解除流出道梗阻，改善心臟功能。酒精室間隔消融術則是通過向供應肥厚室間隔心肌的冠狀動脈間隔支注入無水酒精，造成局部心肌梗死，使肥厚心肌變薄，從而減輕流出道梗阻。
植入式心臟復律除顫器ICD對於有心臟性猝死高危因素的患者意義重大。它能實時監測心臟節律，在發生惡性心律失常時及時進行電擊除顫，輓救患者生命。
在日常生活中，患者要注意休息，避免過度勞累和劇烈運動，以防加重心臟負擔。飲食上，要控制鹽分攝入，減少水鈉瀦留，減輕心臟水腫。保持情緒穩定，避免精神緊張和情緒激動，因為這些因素可能誘發心律失常。定期到醫院復查，包括心臟超聲、心電圖等檢查，以便醫生及時瞭解病情變化，調整治療方案。
