新生兒先天性巨結腸的治療方法有保守治療、灌腸治療、擴肛治療、藥物治療、手術治療等。
1. 保守治療：對於新生兒先天性巨結腸，保守治療主要是通過調整飲食結構、增加水分攝入等方式，促進腸道蠕動。因為先天性巨結腸會導致腸道蠕動功能異常，合理飲食能在一定程度上刺激腸道，幫助排便。比如適當增加母乳或配方奶的餵養量，保證充足水分，促進糞便排出，緩解腸道梗阻情況，減輕腹脹等症狀，維持腸道相對正常的功能狀態。
2. 灌腸治療：針對新生兒先天性巨結腸，灌腸治療是用生理鹽水等溶液經肛門灌入腸道。這是由於巨結腸病變部位腸管缺乏神經節細胞，導致腸管持續痙攣，糞便無法正常通過。灌腸能直接清除腸道內積聚的糞便，減輕腸腔內壓力，緩解腸管擴張，改善腸道血液循環，使腸道功能得到一定程度恢復，為後續治療創造條件。
3. 擴肛治療：新生兒先天性巨結腸採用擴肛治療，是使用合適的擴肛器定期擴張肛門。因為巨結腸患兒肛門內括約肌常處於痙攣狀態，影響排便。擴肛可逐漸鬆弛肛門括約肌，改善其痙攣情況，增加肛管直徑，利於糞便順利排出，減少糞便在腸道內的瀦留，減輕腸道負擔，促進腸道功能恢復。
4. 藥物治療：新生兒先天性巨結腸的藥物治療，常用開塞露、乳果糖口服液、四磨湯口服液。開塞露能潤滑腸道並刺激腸壁，引起排便反射，使乾結糞便易於排出。乳果糖口服液可調節腸道微生態，增加腸道水分，軟化糞便，促進腸道蠕動。四磨湯口服液能順氣降逆、消積止痛，增強胃腸蠕動，改善消化功能，幫助患兒排出腸道內的氣體和糞便，緩解腹脹、便秘等症狀。
5. 手術治療：對於新生兒先天性巨結腸，手術治療是切除病變的腸段。因為病變腸段神經節細胞缺失，無法正常蠕動和排便，只有切除病變腸管，將正常腸管吻合，才能恢復腸道的正常結構和功能，從根本上解決腸道梗阻問題，使患兒的消化和排便功能逐漸恢復正常。
治療過程中要密切關注新生兒的症狀變化，包括排便情況、腹脹程度等。保證餵養合理，根據醫生建議調整奶量和餵養頻率。注意腹部保暖，避免著涼加重腸道不適。定期帶新生兒到醫院復查，以便醫生根據恢復情況及時調整治療方案。
