不存在治療卵巢囊腫的最好方法，因為治療方式需依據囊腫的性質、大小、患者症狀及生育需求等多方面因素綜合考量。
對於生理性卵巢囊腫，多由月經週期變化引起，一般直徑小於 5 釐米，通常無明顯症狀。這類囊腫大多能在 2 - 3 個月經週期內自行消失，無需特殊治療，定期復查超聲，觀察囊腫大小、形態變化即可。
若囊腫持續存在或增大，直徑大於 5 釐米，或引發腹痛、腹脹、月經紊亂等症狀，可能需要手術治療。手術方式有多種，年輕有生育需求的患者，多采用卵巢囊腫剝除術，盡量保留正常卵巢組織，以維持卵巢功能和生育能力；對於年齡較大、無生育需求且囊腫為良性的患者，可考慮患側附件切除術；若懷疑囊腫有惡變傾向，則需擴大手術範圍，進行全面的分期手術。
對於一些良性、較小的囊腫，也可採用藥物治療輔助控制。比如短效避孕藥，可調節體內激素水平，抑制囊腫生長。但藥物治療效果因人而異，且通常無法使囊腫完全消失。
治療卵巢囊腫後，要保持健康的生活方式，規律作息，避免熬夜，均衡飲食，多攝入蔬菜、水果，減少高脂肪、高糖食物攝入。適當進行體育鍛鍊，增強體質。同時，要按照醫生要求定期復查，以便及時發現異常並處理。
