慢性細菌性痢疾可能是急性期治療不徹底、腸道寄生蟲感染、營養不良、腸道菌群失調、自身免疫力低下等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有規範抗菌、驅蟲、補充營養、調節菌群、增強免疫力等。
1. 急性期治療不徹底：急性細菌性痢疾若未得到及時、足量、全程的抗菌治療，細菌可能在腸道內持續存在並繁殖，引發慢性炎症。可選用諾氟沙星膠囊，遵醫囑口服，抑制細菌DNA旋轉酶；也可使用鹽酸小檗鹼片，遵醫囑服用，具有抗菌消炎作用；還可選用復方磺胺甲惡唑片，遵醫囑用藥，通過抑制細菌生長髮揮療效。
2. 腸道寄生蟲感染：腸道寄生蟲如阿米巴原蟲等感染，會破壞腸道黏膜屏障，影響腸道正常功能，使細菌更容易定植引發慢性炎症。可使用甲硝唑片，遵醫囑口服，對腸道寄生蟲有較好抑製作用；阿苯達唑片，遵醫囑服用，能有效驅蟲；吡喹酮片，遵醫囑用藥，可用於多種腸道寄生蟲感染的治療。
3. 營養不良：長期營養攝入不足，身體缺乏蛋白質、維生素等營養物質，會導致腸道黏膜修復能力下降，抵抗力降低，利於細菌生存。應增加富含蛋白質食物攝入，如雞蛋、牛奶等；多吃新鮮蔬果補充維生素；必要時可遵醫囑使用腸內營養制劑，如整蛋白型腸內營養劑、短肽型腸內營養劑、氨基酸型腸內營養劑。
4. 腸道菌群失調：長期使用抗生素、飲食不均衡等因素會破壞腸道內正常菌群平衡，有益菌減少，有害菌增多，增加慢性細菌性痢疾發生風險。可服用雙歧桿菌四聯活菌片，遵醫囑口服，調節腸道菌群；地衣芽孢桿菌活菌膠囊，遵醫囑服用，促進有益菌生長；布拉氏酵母菌散，遵醫囑用藥，有助於恢復腸道微生態平衡。
5. 自身免疫力低下：一些慢性疾病、過度勞累等會導致身體免疫力降低，無法有效抵御細菌入侵。要積極治療基礎疾病，保證充足睡眠，適當進行運動鍛鍊，如散步、慢跑等。也可遵醫囑使用增強免疫力藥物，如轉移因子口服液、匹多莫德顆粒、脾氨肽口服凍乾粉。
治療期間要注意休息，避免勞累，保證充足睡眠。飲食上選擇清淡、易消化食物，避免食用辛辣、油膩、刺激性食物。注意個人衛生，勤洗手，保持居住環境清潔，定期復查，以便醫生及時調整治療方案。
