功能性消化不良的藥物治療方法有促胃腸動力藥治療、消化酶制劑治療、抑酸藥治療、抗抑鬱藥治療、益生菌治療等。
1. 促胃腸動力藥治療：功能性消化不良常存在胃腸動力障礙，促胃腸動力藥可促進胃腸道蠕動，改善消化功能。常用藥物有多潘立酮片、莫沙必利片、伊托必利片，遵醫囑使用。多潘立酮片能增加胃腸道的蠕動和張力，促進胃排空；莫沙必利片可選擇性地作用於上消化道，協調食管、胃、十二指腸的運動；伊托必利片通過對多巴胺D₂受體和乙酰膽鹼酯酶的雙重阻斷作用，增強胃和十二指腸運動。
2. 消化酶制劑治療：功能性消化不良患者消化酶分泌可能不足，消化酶制劑能補充消化酶，幫助食物消化吸收。如復方消化酶膠囊、胰酶腸溶膠囊，遵醫囑使用。復方消化酶膠囊含有多種消化酶，可促進碳水化合物、脂肪、蛋白質的消化；胰酶腸溶膠囊在腸道內釋放消化酶，輔助消化。
3. 抑酸藥治療：部分功能性消化不良患者可能存在胃酸分泌過多，抑酸藥可減少胃酸分泌，緩解症狀。常用藥物有奧美拉唑腸溶膠囊、蘭索拉唑腸溶片、雷貝拉唑鈉腸溶片，遵醫囑使用。奧美拉唑腸溶膠囊能特異性地抑制胃壁細胞質子泵，減少胃酸分泌；蘭索拉唑腸溶片作用機制與奧美拉唑類似，但抑酸作用更強；雷貝拉唑鈉腸溶片起效快，抑酸作用持久。
4. 抗抑鬱藥治療：功能性消化不良與精神心理因素密切相關，抗抑鬱藥可調節神經功能，改善患者的精神狀態，從而緩解消化不良症狀。常用藥物有氟哌噻噸美利曲辛片、帕羅西汀片、捨曲林片，遵醫囑使用。氟哌噻噸美利曲辛片能調節中樞神經系統功能，改善焦慮、抑鬱情緒；帕羅西汀片和捨曲林片是選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑，可改善患者的情緒障礙。
5. 益生菌治療：功能性消化不良患者腸道菌群可能失調，益生菌可調節腸道菌群，改善腸道功能。常用藥物有雙歧桿菌四聯活菌片、地衣芽孢桿菌活菌膠囊，遵醫囑使用。雙歧桿菌四聯活菌片能補充腸道有益菌，抑制有害菌生長；地衣芽孢桿菌活菌膠囊可調整腸道菌群生態平衡。
保持規律的飲食習慣，定時定量進餐，避免暴飲暴食。盡量減少食用辛辣、油膩、刺激性食物，戒煙限酒。適當進行體育鍛鍊，保持心情舒暢，避免精神緊張和焦慮。若消化不良症狀持續不緩解或加重，應及時就醫，進行相關檢查，明確病因，以便採取針對性治療。
