阿爾法氨基酸和貝塔氨基酸是兩種不同類型的氨基酸，主要區別在於結構差異、生物功能不同、穩定性差異、合成途徑不同、應用不同等。使用藥物需就診後遵照醫生要求。
1.結構差異：阿爾法氨基酸的氨基和羧基分別位於中心碳原子的兩側，形成一個空間上的直線排列。這種結構在肽鏈中能夠通過肽鍵相連的能力，從而形成蛋白質。貝塔氨基酸則有所不同，其氨基和羧基相隔一個額外的碳原子，導致側鏈相對於中心碳的位置與阿爾法氨基酸相反，形成了一個彎曲的分子結構。這一結構差異使得β氨基酸不適合通過肽鍵形成長鏈，因而通常不會直接參與蛋白質的構建。
2.生物功能不同：阿爾法氨基酸是構成蛋白質的基本單元，人體內有20種標準的阿爾法氨基酸，通過不同的組合與序列，編碼了生命體內幾乎所有的蛋白質，執行著從催化反應到結構支撐等多種生物學功能。貝塔氨基酸在自然界中較為罕見，並不直接參與蛋白質的合成。
3.穩定性差異：阿爾法氨基酸構成的肽鏈容易受到酶的水解和氧化，這與它們在生命過程中的動態調控有關。貝塔氨基酸由於其獨特的三維結構，形成的β-肽比α-肽具有更高的化學穩定性和抗酶解性，使得成為設計藥物和生物材料的理想候選分子。
4.合成途徑不同：阿爾法氨基酸在生物體內通過多種代謝途徑合成，如轉氨作用、脫羧作用等，也可從食物中攝取。貝塔氨基酸的生物合成途徑較為特殊，通常不通過標準的代謝途徑，更多是通過化學合成或微生物發酵獲得。
5.應用不同：阿爾法氨基酸廣泛用於食品、醫藥和化妝品等行業，作為營養補充劑或合成藥物的原料。例如，賴氨酸、精氨酸和谷氨酸等都是常見的阿爾法氨基酸，在人體健康中扮演著重要角色。而貝塔氨基酸的應用相對較少，通常出現在特定的藥物合成或研究中。
