免疫功能異常的治療需要根據具體的原因採取相應的治療的措施，免疫功能異常常見的原因有環境因素、長期應用免疫抑制劑、營養不良、感染等原因引發。
1.環境因素：如果長期接觸放射性射線或化學物質可能會干擾免疫系統的正常功能，此時容易引發免疫功能異常情況，需要盡快遠離這些環境，可以盡量減少對機體的影響。
2.長期應用免疫抑制劑：如果長時間應用環孢素軟膠囊、醋酸潑尼松龍片等免疫抑制劑，會抑制免疫功能，使機體免疫功能下降，所以長期用藥的患者需要定期前往醫院進行復查，讓醫生根據實際情況制定合適的治療方案。
3.營養不良：如果機體長期處於營養不良的狀態中，會影響機體正常生成免疫球蛋白和抗體，此時患者免疫系統會產生功能受損的現象，一般會產生消瘦、精神萎靡等症狀，此時患者需要合理搭配飲食，給機體補充營養物質，如果不能正常進食，也能按照醫生的指導通過靜脈滴注氨基酸注射液、葡萄糖注射液等營養液的方式進行治療。
4.感染：如果機體出現感染情況，體內會針對感染的病原體產生免疫應答，容易使機體產生免疫系統紊亂的情況，細菌感染者要遵醫囑使用抗生素藥物進行干預，常用藥物有頭孢克洛片、氨苄西林顆粒等，而病毒感染者則需要按照醫生指導使用磷酸奧司他韋膠囊、阿昔洛韋片等抗病毒藥物進行抗病毒治療。
此外也可能和系統性紅斑狼瘡、類風濕關節炎、獲得性免疫缺陷綜合徵等情況有關，如果體內有異常症狀，建議盡快就醫檢查。
