在正規中醫院針灸百會穴可能不會出現後遺症，但是如果治療不正規，可能會出現感染、燙傷的情況，影響機體健康。正規的中醫院中醫生具有治療資質，並且治療環境合格，此時針灸百會穴，一般不會影響機體健康，還能起到疏通經絡、促進血液循環的效果。
針灸包括針刺和艾灸兩種治療手段，針刺為有創操作，如果選擇的治療醫院不正規，在針灸百會穴時，可能會因為治療器具消毒不到位或者治療環境衛生條件過差，從而出現創口感染的情況，比較容易讓人體出現發熱、皮膚瘙癢等不適症狀。艾灸治療期間，點燃的艾柱溫度較高，如果艾灸時間較長或者距離較近，容易出現燙傷的情況，所以想要針灸百會穴，需要前往正規中醫院，不要自行操作。
在針灸之後，體內會產生汗液，需要盡快將汗液擦拭乾淨，因為汗液蒸發吸熱，刺激頭皮處的毛細血管，可能會讓人體出現頭痛的不適症狀，但是如果此時體內出現不適症狀，應該配合醫生進行處理。
