新生兒房間隔缺損可以通過自然閉合、介入封堵術以及外科手術治療，具體要根據房間隔缺損的部位大小、是否存在併發症判斷。
1.自然閉合：如果新生兒房間隔缺損的直徑小於3mm，同時並沒有出現口唇發紺、咳嗽以及咳痰的症狀無任何併發症。大部分新生兒一般在3~12個月之內房間隔會出現閉合，也有的患者可能到4歲左右房間隔缺損才會自然閉合。
2.介入封堵術：如果房間隔缺損直徑大於8mm，一般自然閉合的幾率很低，通常需要採取介入封堵術進行治療。通過穿刺股動脈或股靜脈插入特製的導管，將特製的封堵器由外周血管送入達到所需要治療的病變部位，將封堵器釋放並固定在病變部位，從而達到治癒目的，安全性也比較高，住院時間也比較短。
3.外科手術：如果超過4歲房間隔缺損沒有閉合或是出現相關的併發症，通常建議採取外科手術治療。
治療期間要定期的進行復查，同時要做好護理工作，有利於疾病恢復。
