兒童針灸對身體一般不會有危害，針灸是一種較安全的治療方式副作用小。
在對兒童進行針灸時，應集中注意力，選用適合的針具，針刺宜輕，快，避免較小的兒童出現掙扎、哭鬧等情況。醫生在對孩子進行針灸時，在孩子擺好體位的情況下，應幫助固定好孩子的肢體，以防止孩子亂動，影響到針灸的進行。
小兒囟門未閉合時，不應在頭頂部的穴位進行針刺。皮膚出現瘢痕、潰瘍、腫瘤及感染等部位也不宜進行針刺。另外，腰背、兩脅以及對胸等臟腑位置的穴位不宜深刺、直刺，避免損傷臟器，出現意外事故。兒童患有水痘、發熱及腮腺炎時，也不宜針刺。
