室間隔缺損手術風險並不大，相對比較小。但是任何手術都是存在有風險的，室間隔缺損手術也不例外，主要的風險有發生房室傳導阻滯、肺動脈高壓危象、發生明顯的殘餘分流、醫源性的三尖瓣和主動脈瓣的損傷等。
1.房室傳導阻滯
室間隔缺損修復手術後，可能會引起房室傳導阻滯，房室傳導阻滯可能會給身體帶來很大的影響和危害，如可以出現暈厥、意識喪失、呼吸困難、全身無力等，嚴重的影響患者的生活質量。另外，房室傳導阻滯如果嚴重的情況，還可能會導致心臟停止跳動，危及生命，需要安裝永久起搏器；
2.肺動脈高壓危象
在術後還可能會發生嚴重的肺動脈高壓危象。當出現嚴重的肺動脈高壓危象後，患者可以表現為低氧血症、右心功能不全、心排量顯著降低、心率增快，血氧飽和度下降，患者會感到煩躁不安。另外，肺動脈高壓危象還可以導致腹壁和食管靜脈擴張、脾大、脾功能亢進、肝功能失代償、腹水等，如果不及時給予干預，可以危及患者的生命；
3.發生明顯的殘餘分流
室間隔缺損手術後還可能會出現明顯的殘餘分流，這種情況主要是由於手術失誤或者患者個體差異所導致的，當出現明顯的殘餘分流並造成不好的臨床後果，可能需要進行介入封堵或者再次進行修復手術，多次手術也可以嚴重地影響患者的生活質量，給患者帶來更大的痛苦；
4.醫源性的三尖瓣和主動脈瓣的損傷
手術期間如果操作失誤，可能會導致三尖瓣和主動脈瓣損傷。當三尖瓣和主動脈瓣受損後可以導致瓣膜反流，這種情況會導致心房或者心室壓力負荷增加，進一步引起心臟結構、功能的異常，甚至導致患者出現心力衰竭等等情況。
