陰莖裡面長小疙瘩可能是皮脂腺異位症、包皮龜頭炎、尖銳濕疣、皮脂腺囊腫、陰莖海綿體硬結症等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有局部護理、藥物治療、物理治療、手術治療等。
1. 皮脂腺異位症：屬於生理變異，由皮脂腺發育異常所致，常見於陰莖皮膚黏膜，表現為針尖至粟粒大小的淡黃色或淡白色小疙瘩，無疼痛、瘙癢等不適症狀，一般無需特殊治療，若因美觀需求可遵醫囑採用電灼、激光等物理治療，若繼發細菌感染可遵醫囑用莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏、頭孢克洛膠囊控制感染。
2. 包皮龜頭炎：多因細菌、真菌等病原體感染，或包皮過長、清潔不足導致，表現為陰莖局部紅腫、出現丘疹樣小疙瘩，伴瘙癢、疼痛或分泌物增多，治療需保持局部清潔乾燥，遵醫囑用藥，如紅霉素軟膏、克霉唑乳膏、甲硝唑片，反復發作者可考慮包皮環切術。
3. 尖銳濕疣：由人乳頭瘤病毒HPV感染引起，經性接觸傳播，表現為菜花狀、乳頭狀或雞冠狀的小疙瘩，可逐漸增大增多，治療需遵醫囑用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、干擾素α-2b凝膠，或激光、冷凍、電灼等物理治療，治療期間避免性生活以防傳播。
4. 皮脂腺囊腫：因皮脂腺導管堵塞，分泌物瀦留形成，表現為圓形或橢圓形的小疙瘩，質地中等，無感染時無明顯不適，感染時出現紅腫、疼痛，治療遵醫囑用阿莫西林膠囊、左氧氟沙星片、魚石脂軟膏控制感染，感染消退後可手術切除囊腫。
5. 陰莖海綿體硬結症：因陰莖海綿體白膜纖維化所致，表現為陰莖內硬結，勃起時可出現疼痛或陰莖彎曲，治療遵醫囑用維生素E軟膠囊、秋水仙鹼片、他莫昔芬片，嚴重影響性生活者需手術治療如硬結切除術。
日常應注意保持陰莖部位清潔乾燥，避免不潔性生活，包皮過長者需定期翻開清潔包皮垢，若出現小疙瘩伴瘙癢、疼痛、增大、破潰等異常情況應及時就醫，切勿自行擠壓或濫用藥物，以免加重病情，治療期間需嚴格遵醫囑用藥及復查，調整治療方案。
