主動運輸、自由擴散、協助擴散在運輸方向、是否需要載體蛋白、是否消耗能量、運輸速度、適用物質類型方面存在區別。
1.運輸方向：主動運輸可以將物質從低濃度區域運輸到高濃度區域，克服濃度梯度；自由擴散則是物質從高濃度區域向低濃度區域自發擴散，遵循濃度梯度；協助擴散也需要載體蛋白的協助，但同樣遵循濃度梯度，從高濃度區域向低濃度區域運輸。
2.是否需要載體蛋白：主動運輸和協助擴散都需要特定的載體蛋白來協助物質的跨膜運輸，這些載體蛋白具有高度的選擇性；而自由擴散不需要任何載體蛋白，物質可以直接通過細胞膜的磷脂雙分子層進行擴散。
3.是否消耗能量：主動運輸需要消耗細胞內能量，通常是ATP，來驅動物質逆濃度梯度的運輸；自由擴散和協助擴散都是被動運輸，不需要消耗能量，物質依靠自身的濃度梯度進行擴散。
4.運輸速度：主動運輸由於需要消耗能量和載體蛋白的參與，其運輸速度相對較慢，並且會受到能量供應和載體蛋白數量的限制；自由擴散的速度較快，因為它僅依賴於物質的濃度梯度和膜的通透性；協助擴散的速度介於兩者之間，雖然需要載體蛋白，但不需要消耗能量。
5.適用物質類型：主動運輸適用於多種物質，包括離子、氨基酸、糖等，特別是那些需要逆濃度梯度運輸的物質；自由擴散主要適用於小分子、非極性分子，如氧氣、二氧化碳等；協助擴散則適用於一些特定的分子，如葡萄糖、氨基酸等，這些分子需要與載體蛋白結合才能通過細胞膜。
在理解這些物質跨膜運輸方式的基礎上，可以更好地認識細胞如何維持內部環境的穩定，以及如何與外界環境進行物質交換。在實際應用中，這些知識對於研究藥物的吸收、分布和代謝，以及設計更有效的藥物載體和治療方法具有重要意義。同時，保持對生物學基本原理的學習和探索，有助於深入理解生命活動的本質。
