傳染性非典型肺炎的診斷依據流行病學史、臨床表現、實驗室檢查、影像學檢查等。
1. 流行病學史：與發病者有密切接觸史，或屬受傳染的群體發病者之一，或有明確傳染他人的證據；發病前2周內曾到過或居住於報告有傳染性非典型肺炎病人並出現繼發感染疫情的區域。
2. 臨床表現：起病急，以發熱為首發症狀，體溫一般＞38℃，偶有畏寒；可伴有頭痛、關節酸痛、肌肉酸痛、乏力、腹瀉；常無上呼吸道卡他症狀；可有咳嗽，多為乾咳、少痰，偶有血絲痰；可有胸悶，嚴重者出現呼吸加速，氣促，或明顯呼吸窘迫。
3. 實驗室檢查：外周血白細胞計數一般不升高，或降低；常有淋巴細胞計數減少；部分患者血小板減少；多數患者C反應蛋白和血沈升高。
4. 影像學檢查：肺部有不同程度的片狀、斑片狀浸潤性陰影或呈網狀改變，部分患者進展迅速，呈大片狀陰影；常為多葉或雙側改變，陰影吸收消散較慢；肺部陰影與症狀、體徵可不一致。
在診斷傳染性非典型肺炎時，應綜合考慮各方面因素。對於疑似病例，需及時進行隔離觀察和進一步檢查。若出現相關症狀且有可疑接觸史，應盡快就醫，配合醫生完成各項檢查，以便盡早明確診斷，採取恰當的治療措施，避免延誤病情和造成傳播。
