核磁共振MRI主要用於檢查腦部疾病、脊柱與關節損傷、腹部及盆腔器官病變、心血管結構異常、軟組織腫瘤或炎症等。
1. 腦部疾病：核磁共振是診斷腦卒中的首選工具，可清晰顯示缺血性腦梗死的早期病灶，還能發現腦腫瘤、腦出血、多發性硬化及癲癇病灶。對於垂體微腺瘤、腦血管畸形等細微結構異常，MRI比CT更具敏感性。
2. 脊柱與關節損傷：可三維重建椎間盤突出、脊髓壓迫程度及神經根受壓情況，準確診斷腰椎間盤突出症、脊柱腫瘤或感染。在膝關節半月板撕裂、肩袖損傷等運動損傷中，MRI能清晰顯示軟骨、韌帶及肌腱的細微病變。
3. 腹部及盆腔器官病變：用於肝臟血管瘤、胰腺癌等腹部腫瘤的鑒別診斷，能發現早期肝硬化結節。在婦科領域可評估子宮肌瘤位置、子宮內膜異位症範圍，前列腺癌篩查中能精准定位腫瘤侵犯範圍。
4. 心血管結構異常：通過心臟電影MRI評估心肌收縮功能，檢測心肌梗死後的存活心肌，還能顯示主動脈夾層、先天性心臟病等血管畸形，無需造影劑即可進行血管成像。
5. 軟組織腫瘤或炎症：對肌肉、脂肪、神經等軟組織分辨率極高，可區分脂肪瘤、纖維瘤等良性腫瘤與肉瘤類惡性腫瘤，還能診斷肌筋膜炎症、膿腫形成等病變。
檢查前需去除所有金屬物品，體內有心臟起搏器、人工耳蝸或金屬假體者需提前告知醫生。檢查過程中需保持靜止約15-40分鐘，兒童或幽閉恐懼症患者可提前進行心理疏導。檢查後無需特殊恢復措施，但若使用造影劑需適量飲水促進代謝。具體檢查方案應由專業醫生根據臨床表現選擇，患者應完整提供病史資料和既往影像檢查結果，以確保診斷的準確性。
