肛周膿腫需要與多種疾病進行鑒別，常見的有肛瘻、肛裂、血栓性外痔、骶尾部畸胎瘤等。
1. 肛瘻：肛瘻外口持續或間斷流出少量膿性、血性、黏液性分泌物為主要症狀。肛周膿腫破潰後可形成肛瘻，肛瘻的瘻管外口常有假性愈合的現象，當膿腫再次形成時，可出現原有症狀的反復發作。
2. 肛裂：肛裂的主要症狀是肛門疼痛、便血和便秘。肛裂的疼痛呈週期性，排便時疼痛劇烈，便後數分鐘可緩解，隨後再次出現劇烈疼痛。肛裂的裂口邊緣整齊，底淺，呈紅色並有彈性，常位於肛門後正中線。
3. 血栓性外痔：血栓性外痔的主要症狀是肛門劇痛，在肛門邊緣可見暗紫色圓形腫塊，質地較硬，觸痛明顯。肛周膿腫的腫塊一般較大，且位置較深，疼痛持續，伴有發熱等全身症狀。
4. 骶尾部畸胎瘤：骶尾部畸胎瘤是一種先天性腫瘤，多發生於新生兒和嬰幼兒。腫瘤多位於骶尾部，可表現為肛門墜脹、排便困難等症狀。骶尾部畸胎瘤的腫塊較大，質地軟硬不均，有時可觸及骨骼樣硬物。
在日常生活中，應注意保持肛門局部的清潔衛生，避免食用辛辣刺激性食物，保持大便通暢。如果出現肛周不適，應及時就醫，以便明確診斷，進行針對性治療。
