巨結腸的治療方法有保守治療、擴肛治療、灌腸治療、藥物治療、手術治療等。
1. 保守治療：對於症狀較輕的巨結腸患者，保守治療是一種選擇。通過調整飲食結構，增加膳食纖維的攝入，促進腸道蠕動，有助於改善排便情況。同時，養成良好的排便習慣，定時排便，可減少糞便在腸道內的積聚。因為規律的飲食和排便習慣能在一定程度上緩解巨結腸患者腸道功能紊亂的問題，減輕腸道負擔，從而緩解症狀。
2. 擴肛治療：擴肛治療適用於部分巨結腸患者。使用合適的擴肛器，定期進行擴肛操作。這能逐漸擴大肛門括約肌，增加肛管直徑，改善因肛門括約肌痙攣或狹窄導致的排便困難。對於巨結腸患者，肛門括約肌功能異常會影響糞便排出，擴肛可有效解決這一問題，使糞便更順暢地通過肛管排出體外。
3. 灌腸治療：灌腸治療是常用的方法。採用溫鹽水或其他合適的灌腸液，經肛門緩慢注入腸道。這樣能直接清除腸道內積聚的糞便，減輕腸道擴張和壓力，改善腸道血液循環。巨結腸患者腸道內常有大量糞便瀦留，灌腸可及時清理，緩解腸道梗阻症狀，促進腸道功能恢復。
4. 藥物治療：可使用開塞露、乳果糖口服液、聚乙二醇電解質散等。開塞露能潤滑腸道並刺激腸壁，引起排便反射；乳果糖口服液在腸道內被細菌分解成低分子有機酸，使腸道內滲透壓增高，吸收水分，軟化糞便；聚乙二醇電解質散能增加腸道內水分，促進腸道蠕動，利於糞便排出。這些藥物能從不同方面改善巨結腸患者的便秘症狀。
5. 手術治療：對於病情嚴重、保守治療效果不佳的巨結腸患者，手術治療是必要手段。切除病變的腸段，重建腸道連續性。因為巨結腸患者病變腸段存在神經節細胞缺失或發育異常，導致腸道蠕動功能障礙，切除病變腸段可從根本上解決問題，恢復腸道正常的生理功能。
治療過程中，需嚴格按照醫生的安排進行各項治療。飲食上聽從醫生建議合理調整，保證營養均衡且有助於腸道恢復。按時進行復查，以便醫生及時瞭解治療效果和腸道恢復情況，根據實際情況調整治療方案。
