肝內膽管結石的治療方法主要有藥物溶石治療、體外衝擊波碎石治療、內鏡逆行胰膽管造影取石治療、經皮肝穿刺膽管引流術、手術治療等。
1. 藥物溶石治療：對於肝內膽管結石患者，熊去氧膽酸膠囊、鵝去氧膽酸膠囊、茴三硫片等藥物較為常用。熊去氧膽酸膠囊可通過抑制膽固醇在腸道內的重吸收，降低膽汁中膽固醇的飽和度，從而促使結石溶解；鵝去氧膽酸膠囊能減少膽固醇的合成和分泌，改變膽汁成分，使結石溶解；茴三硫片能促進膽汁分泌，有助於小結石隨膽汁排出，減輕膽管內壓力，緩解因結石梗阻引起的不適，對肝內膽管結石起到一定治療作用。
2. 體外衝擊波碎石治療：利用高能衝擊波聚焦後作用於肝內膽管結石，將結石粉碎成細小顆粒。對於一些較小且質地不太堅硬的肝內膽管結石，這種方法能有效將結石擊碎，使其更易通過膽管隨膽汁排出體外，減少結石對膽管壁的刺激和梗阻，降低膽管炎等併發症的發生風險。
3. 內鏡逆行胰膽管造影取石治療：通過口腔插入內鏡，經食管、胃、十二指腸到達膽管開口處，然後將特殊器械通過內鏡插入膽管，找到結石後將其取出。該方法可直接觀察膽管內部情況，精准定位結石，對於肝內膽管結石，尤其是靠近膽管下端的結石，能在不進行較大創傷手術的情況下取出結石，減輕患者痛苦，恢復膽管通暢。
4. 經皮肝穿刺膽管引流術：在超聲或X線引導下，將穿刺針經皮刺入肝內膽管，建立引流通道，引出膽汁。對於肝內膽管結石導致膽管梗阻、膽汁淤積，引起黃疸、膽管炎等情況時，此方法能迅速解除膽管內高壓，引流感染的膽汁，緩解患者症狀，為後續進一步治療肝內膽管結石創造條件。
5. 手術治療：當上述方法效果不佳或結石較大、較多，引起嚴重膽管梗阻、反復膽管炎發作等情況時，常需進行手術治療。手術方式包括膽管切開取石術、肝部分切除術等。膽管切開取石術可直接切開膽管，取出結石，恢復膽管通暢；肝部分切除術適用於結石局限於某一肝段或肝葉，且該區域肝臟因結石長期梗阻出現纖維化、萎縮等病變時，切除病變肝臟組織，能徹底清除結石病灶，防止結石復發和病情進一步發展。
治療期間要嚴格按照醫生要求進行各項檢查和治療，按時服藥，定期復查肝功能、腹部超聲等指標。飲食上要避免食用高脂肪、高膽固醇食物，如油炸食品、動物內臟等，以減輕肝臟和膽管負擔。保持規律作息，避免過度勞累，適當進行體育鍛鍊，增強體質，促進身體恢復。
