對於肥厚心肌病，不存在絕對的最新治療。醫學是不斷發展進步的，新的治療方法和技術持續湧現，但每種治療手段都有其適用範圍和局限性。
藥物治療是基礎。β受體阻滯劑能通過減慢心率、降低心肌收縮力，減輕心臟負擔，緩解症狀，還可預防心律失常。鈣通道阻滯劑也有類似作用，能改善舒張功能。當患者出現心力衰竭症狀時，使用利尿劑可減輕液體瀦留，改善呼吸困難等表現。
對於藥物治療效果不佳的患者，非藥物治療手段發揮重要作用。室間隔消融術是通過向供應肥厚室間隔心肌的血管注入無水乙醇，造成局部心肌梗死，使肥厚的心肌變薄，改善心臟流出道梗阻。不過該方法可能存在一定併發症風險。
外科手術也是重要的治療方式。室間隔心肌切除術能直接切除肥厚的心肌組織，有效解除流出道梗阻，顯著改善患者症狀和生活質量。但外科手術創傷較大，對患者身體狀況要求較高。
心臟移植是針對終末期肥厚心肌病患者的治療選擇。當患者心臟功能嚴重受損，其他治療方法無效時，心臟移植可提供新的生存機會。但心臟供體來源有限，術後還需長期服用免疫抑制劑以防止排異反應。
在接受治療過程中，患者要保持規律作息，避免過度勞累和劇烈運動。飲食上，控制鹽分攝入，減輕心臟負擔。嚴格按照醫生要求服藥，不可自行增減藥量或停藥。定期到醫院復查，以便醫生及時瞭解病情變化，調整治療方案。
