不存在治療龜頭炎最管用的藥膏。龜頭炎病因多樣，不同病因適用的藥膏不同，需因病施治。
感染性龜頭炎較為常見。若是細菌感染引發，可使用抗生素類藥膏，如莫匹羅星軟膏。莫匹羅星對革蘭氏陽性球菌有較強抗菌活性，能有效抑制和殺滅引起龜頭炎的常見細菌，減輕炎症、緩解紅腫疼痛症狀。
真菌感染導致的龜頭炎，要用抗真菌藥膏，像克霉唑乳膏。克霉唑能抑制真菌細胞膜的合成，從而達到抗菌目的，可改善龜頭瘙癢、紅斑、白色分泌物增多等症狀。
對於非感染性龜頭炎，如因局部摩擦、外傷、過敏等因素引起，可使用糖皮質激素類藥膏，如氫化可的鬆軟膏。它具有抗炎、抗過敏作用，能減輕局部炎症反應，緩解不適。
在使用藥膏治療龜頭炎時，要先將龜頭清洗乾淨，保持局部清潔乾燥，這樣有利於藥物吸收，提高治療效果。清洗時用溫水即可，避免使用刺激性強的清潔劑。塗抹藥膏時要均勻覆蓋在病變部位，動作輕柔，防止損傷龜頭皮膚。
治療期間，要注意個人衛生，勤換內褲，避免性生活，防止交叉感染或加重病情。若使用藥膏一段時間後症狀無改善甚至加重，應及時就醫，重新評估病情，調整治療方案。
