黑斑息肉綜合徵需要與家族性腺瘤性息肉病、幼年性息肉病、Peutz-Jeghers樣綜合徵、Cronkhite-Canada綜合徵、Gardner綜合徵等進行鑒別。
1. 家族性腺瘤性息肉病：是一種常染色體顯性遺傳性疾病，主要特徵為結直腸內出現大量腺瘤性息肉，息肉數目眾多，可多達數千枚。息肉多為管狀腺瘤，有較高的癌變風險，患者通常在青少年時期發病，可伴有腸道外表現，如先天性視網膜色素上皮肥厚等。
2. 幼年性息肉病：常見於兒童和青少年，息肉主要分布在結直腸，多為錯構瘤性息肉，息肉表面常伴有糜爛、潰瘍。部分患者可出現便血、腹瀉、腹痛等症狀，一般不會有皮膚黏膜黑斑表現，與黑斑息肉綜合徵的皮膚黑斑特徵可作鑒別。
3. Peutz-Jeghers樣綜合徵：臨床表現與黑斑息肉綜合徵有相似之處，也可有胃腸道息肉和皮膚黏膜黑斑，但息肉的病理類型、分布等可能存在差異。其息肉多為錯構瘤性，分布範圍相對較廣，除胃腸道外，還可累及其他部位。
4. Cronkhite-Canada綜合徵：較為罕見，主要表現為胃腸道多發性息肉，同時伴有皮膚色素沈著、脫發、指甲萎縮等外胚層改變。患者多為成年人，病情進展相對較快，常伴有嚴重的腹瀉、營養不良等症狀。
5. Gardner綜合徵：是一種常染色體顯性遺傳病，除了腸道息肉外，還可伴有骨瘤、軟組織腫瘤、皮膚囊腫等腸道外表現。息肉多為腺瘤性，癌變風險較高，與黑斑息肉綜合徵的錯構瘤性息肉在病理上有明顯區別。
對於出現胃腸道息肉及皮膚黑斑等表現的患者，應及時就醫，進行詳細的檢查和評估，由專業醫生綜合分析判斷，以明確診斷並制定合適的治療方案。
