腎囊腫的發生可能是先天發育異常、腎小管堵塞、炎症刺激、寄生蟲感染、遺傳等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有手術治療、藥物治療等。
1. 先天發育異常：在胚胎發育過程中，腎小管憩室未與集合管完全分離，隨著時間推移，憩室不斷擴大形成囊腫。對於較小且無症狀的囊腫，一般定期復查腎臟超聲觀察其變化即可；若囊腫較大或產生壓迫症狀，可考慮手術治療，如腹腔鏡下腎囊腫去頂減壓術。
2. 腎小管堵塞：結石、血塊等堵塞腎小管，導致尿液排出受阻，局部壓力升高，使腎小管擴張形成囊腫。可根據堵塞原因處理，若是結石，較小結石可通過多喝水、多運動促進排出，也可遵醫囑服用排石顆粒、腎石通顆粒、金錢草顆粒輔助排石；較大結石可能需體外衝擊波碎石或手術取石。
3. 炎症刺激：長期的腎臟炎症，如腎盂腎炎等，炎症反復刺激腎小管及周圍組織，引發局部結構改變形成囊腫。積極控制炎症是關鍵，可遵醫囑使用抗生素，如阿莫西林膠囊、頭孢克肟片、左氧氟沙星片，同時要注意休息，多喝水，促進炎症消退。
4. 寄生蟲感染：如包蟲等寄生蟲感染腎臟，在腎臟內寄生繁殖，破壞腎臟組織，形成囊腫樣病變。需使用抗寄生蟲藥物，如阿苯達唑片、吡喹酮片、甲苯咪唑片，具體用藥及療程需嚴格遵醫囑，必要時手術切除囊腫。
5. 遺傳：某些遺傳性疾病可導致腎囊腫，如多囊腎。目前尚無特效治癒方法，主要是控制血壓、預防感染等對症治療。可遵醫囑使用降壓藥如硝苯地平緩釋片、氨氯地平片、纈沙坦膠囊控制血壓，定期復查腎功能等指標。
日常要保持健康的生活方式，規律作息，避免劇烈運動和腰部受撞擊，飲食上減少高鹽、高蛋白食物攝入，定期到醫院復查腎臟超聲、腎功能等項目，以便及時發現問題並調整治療方案 。
