黏膜-皮膚-眼綜合徵可能是感染、自身免疫異常、遺傳、環境因素、藥物不良反應等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有抗感染、調節免疫、對症支持等。
1. 感染：細菌、病毒、真菌等病原體感染可能誘發該綜合徵。如單純皰疹病毒感染較為常見。對於細菌感染，可使用阿莫西林膠囊，遵醫囑按合適劑量服用，能抑制細菌細胞壁合成；針對病毒感染，阿昔洛韋片可有效抑制病毒複製，需嚴格遵醫囑；真菌感染時，伊曲康唑膠囊可發揮抗真菌作用，同樣要遵醫囑用藥。通過控制感染，緩解症狀。
2. 自身免疫異常：機體免疫系統錯誤攻擊自身組織，引發疾病。可使用糖皮質激素如潑尼松片，遵醫囑調節免疫；免疫抑制劑如環磷酰胺片，遵醫囑抑制免疫反應；雷公藤多苷片也常用於調節免疫，遵醫囑服用，以糾正免疫紊亂。
3. 遺傳：某些基因缺陷或突變可能導致發病。目前無特效根治方法，主要是對症治療。如出現眼部症狀，可使用人工淚液如玻璃酸鈉滴眼液，遵醫囑緩解眼乾；皮膚破損處用莫匹羅星軟膏，遵醫囑預防感染；口腔黏膜潰瘍用康復新液，遵醫囑促進愈合。
4. 環境因素：長期暴露於某些化學物質、紫外線等不良環境中可能誘發。應盡量避免接觸有害環境，外出做好防曬。皮膚出現症狀時，可外用爐甘石洗劑，遵醫囑止癢；瘙癢嚴重時，口服氯雷他定片，遵醫囑抗過敏；還可使用維生素E乳，遵醫囑滋潤皮膚。
5. 藥物不良反應：某些藥物可能引發該綜合徵。需及時停用可疑藥物，根據症狀治療。如出現皮疹，可外用丁酸氫化可的松乳膏，遵醫囑減輕炎症；發熱時，對乙酰氨基酚片可遵醫囑退熱；出現關節疼痛，布洛芬膠囊可遵醫囑止痛。
治療期間要嚴格按照醫生要求用藥，不可自行增減藥量或停藥。定期到醫院復查，以便醫生及時瞭解病情變化調整治療方案。保持良好的生活習慣，規律作息，均衡飲食，適當運動，增強身體抵抗力。
