不存在治療十二指腸潰瘍最好的方法，因為治療方案需根據患者具體情況制定。十二指腸潰瘍主要由幽門螺桿菌Hp感染、胃酸分泌過多引發，治療旨在消除病因、緩解症狀、促進潰瘍愈合、防止復發及避免併發症。
Hp 感染是十二指腸潰瘍的重要病因，若檢測發現感染，通常採用質子泵抑制劑、鉍劑和抗生素聯合的方案根除。常用抗生素如阿莫西林、克拉霉素，質子泵抑制劑像奧美拉唑、蘭索拉唑，鉍劑有枸櫞酸鉍鉀等，療程一般為 10 - 14 天。
抑制胃酸分泌對促進潰瘍愈合至關重要。質子泵抑制劑是常用藥物，能有效抑制胃酸分泌，作用強且持久，可使潰瘍在短時間內愈合。H₂受體拮抗劑如西咪替丁、雷尼替丁等也有抑制胃酸作用，適用於輕、中度患者。
胃黏膜保護劑可增強胃黏膜防禦能力，促進潰瘍愈合。鉍劑在酸性環境下形成保護膜，阻止胃酸、胃蛋白酶對潰瘍面的侵蝕；鋁碳酸鎂能中和胃酸，減輕胃酸對潰瘍的刺激。
除藥物治療，生活方式調整也不可或缺。患者要規律飲食，定時定量，避免過飢過飽，避免食用辛辣、刺激性食物，戒煙戒酒，減少對胃黏膜的刺激。同時，注意休息，避免精神緊張和焦慮，因為精神因素會影響胃腸功能，不利於潰瘍愈合。
治療過程中，患者要嚴格按醫生要求用藥，不能自行增減藥量或停藥。治療一段時間後需復查，瞭解潰瘍愈合情況及 Hp 是否根除。若治療期間出現腹痛加重、黑便、嘔血等異常，應及時就醫。
