治療兒童鵝口瘡較為有效的藥物有制霉菌素、碳酸氫鈉溶液、冰硼散、康復新液、氟康唑等。
1. 制霉菌素：制霉菌素是治療鵝口瘡最常用的藥物。它可以與真菌細胞膜上的甾醇相結合，改變細胞膜的通透性，從而起到抗真菌的作用。一般將制霉菌素配製成每毫升含5萬~10萬單位的混懸液，用乾淨的棉簽蘸取適量塗於患處，每日3~4次。通常用藥2~3天後，白色斑膜即可逐漸消失。
2. 碳酸氫鈉溶液：碳酸氫鈉溶液俗稱小蘇打水，它可以通過改變口腔的酸鹼度，抑制白色念珠菌的生長繁殖。一般使用2%~5%的碳酸氫鈉溶液，在哺乳前後用其清洗患兒口腔，能有效預防和治療鵝口瘡。清洗時要注意動作輕柔，避免損傷患兒口腔黏膜。
3. 冰硼散：冰硼散是一種傳統的中藥制劑，主要由冰片、硼砂等組成，具有清熱解毒、消腫止痛的功效。將冰硼散少許塗於患處，每日3~4次，可緩解鵝口瘡引起的疼痛，促進創面愈合。
4. 康復新液：康復新液具有通利血脈、養陰生肌的作用。可將康復新液含漱或用紗布蘸取藥液濕敷於患處，每次10~15分鐘，每日3~4次，有助於修復受損的口腔黏膜。
5. 氟康唑：氟康唑是一種廣譜抗真菌藥物，對於嚴重的、反復發作的鵝口瘡，在醫生的指導下可考慮口服氟康唑進行治療。但由於氟康唑可能會有一些副作用，所以使用時需謹慎。
兒童鵝口瘡用藥時，要嚴格按照醫生的建議進行，不可自行增減藥量或停藥。同時，要注意保持患兒口腔清潔衛生，餵奶器具要定期消毒，母乳餵養時母親也要注意乳頭的清潔。
