不存在卵巢囊腫最好的治療方式，因為治療方案需依據囊腫性質、大小、患者症狀及生育需求等多方面因素綜合考量。
對於生理性卵巢囊腫，多由女性生理週期變化引起，一般直徑小於 5 釐米，且無明顯症狀。這類囊腫通常會在 2 - 3 個月經週期內自行消失，無需特殊治療，定期復查超聲，觀察囊腫大小、形態變化即可。
病理性卵巢囊腫，若囊腫較小、無症狀且考慮為良性，可先採取藥物治療。如口服短效避孕藥，能調節體內激素水平，部分囊腫可能會縮小。但藥物治療需嚴格按療程進行，期間要定期復查。
當囊腫較大一般直徑大於 5 釐米，或出現腹痛、腹脹、月經紊亂等症狀，或高度懷疑惡變時，手術治療是主要選擇。手術方式有多種，年輕有生育需求的患者，多采用卵巢囊腫剝除術，盡量保留正常卵巢組織，以維持卵巢功能和生育能力；對於年齡較大、無生育需求且囊腫為良性的患者，可考慮患側附件切除術；若懷疑惡變，則需擴大手術範圍，進行全面的分期手術。
治療卵巢囊腫要積極配合醫生。治療期間，保持規律作息，避免熬夜，飲食上多攝入富含營養且清淡的食物，避免食用刺激性食物。術後注意傷口護理，防止感染。定期進行復查，以便及時發現問題並調整治療方案。
