藿香正氣散需要與平胃散、保和丸、參苓白術散、四君子湯、理中丸等方劑進行鑒別。
1. 平胃散：主要功效為燥濕運脾、行氣和胃，側重於治療濕滯脾胃證，以脘腹脹滿、不思飲食、口淡無味等為主要表現，其藥物組成以蒼術、厚朴、陳皮等燥濕行氣藥為主。藿香正氣散則重在解表化濕、理氣和中，對於外感風寒、內傷濕滯所致的惡寒發熱、頭痛等表證兼脾胃濕滯症狀有較好療效，藥物組成除了燥濕理氣藥外，還有解表藥如紫蘇、白芷等。
2. 保和丸：具有消食和胃的作用，主治食積證，常見症狀有脘腹痞滿脹痛、噯腐吞酸、惡食嘔逆等，方中重用山楂、神曲、萊菔子等消食藥。而藿香正氣散主要針對外感風寒、內傷濕滯之證，並非單純的食積，其用藥更側重於解表化濕與理氣和中。
3. 參苓白術散：主要功效是益氣健脾、滲濕止瀉，用於脾胃虛弱、食少便溏、氣短咳嗽等症，藥物組成以人參、白術、茯苓等益氣健脾藥為主。藿香正氣散雖也有調理脾胃之功，但更著重於解表化濕，針對的是有外感表證且兼脾胃濕滯的情況。
4. 四君子湯：為補氣的基礎方劑，主要作用是益氣健脾，主治脾胃氣虛證，表現為面色萎白、語聲低微、氣短乏力等，以人參、白術、茯苓、炙甘草四味藥組成。藿香正氣散的功效重點在於解表化濕、理氣和中，與四君子湯單純的補氣健脾作用有所不同。
5. 理中丸：有溫中祛寒、補氣健脾的功效，主治脾胃虛寒證，常見症狀有脘腹綿綿作痛、喜溫喜按、嘔吐、大便稀溏等，以乾姜、人參、白術、炙甘草為主要藥物。藿香正氣散主要針對外感風寒、內傷濕滯，並非單純的脾胃虛寒，其用藥還包含解表化濕之品。
在臨床應用中，應根據患者的具體症狀、體徵等進行準確辨證，合理選用方劑。若症狀複雜或難以辨別，應尋求專業醫生的指導，以確保用藥安全有效。
