一般來說，藥物流產的最佳時間是懷孕後的49天內。
藥物流產的原理主要是通過服用藥物來終止妊娠。常用的藥物是米非司酮和米索前列醇。米非司酮可以使子宮蛻膜變性、壞死，從而使胚胎失去生存的環境。米索前列醇則能促使子宮收縮，將已經死亡的胚胎排出體外。在懷孕49天內，胚胎相對較小，子宮也沒有過度增大，此時進行藥物流產，藥物更容易發揮作用，能更有效地促使胚胎排出，而且對子宮的損傷相對較小，出血也會相對較少，女性身體恢復起來會比較快。
從實際情況來看，懷孕時間越短，藥物流產的效果往往越好。如果懷孕時間過長，胚胎發育較大，藥物可能無法完全將胚胎排出，就容易導致流產不全，需要進行清宮手術，這會給女性身體帶來更大的傷害。
在進行藥物流產前，要進行全面的身體檢查，確保沒有藥物流產的禁忌證。流產後要注意休息，避免劇烈運動和重體力勞動，保持外陰清潔，一個月內禁止性生活。若出現陰道流血量多、腹痛加劇等異常情況，應及時就醫。
