N90口罩通常能在一定程度上預防流感病毒。
N90口罩對空氣動力學直徑≥0.3微米的顆粒的過濾效率達到90%以上。流感病毒主要通過飛沫傳播，這些飛沫大小不一，其中不少都在N90口罩可過濾的範圍內。當佩戴N90口罩後，口罩的過濾層能夠阻擋含有流感病毒的飛沫，從而減少病毒進入呼吸道的幾率，進而起到預防流感病毒的作用。
N90口罩的貼合度也較為重要。它能較好地貼合面部，減少側面和邊緣的縫隙，降低未經過濾的空氣從周邊進入的可能性，進一步提升防護效果。不過，其防護效果並非絕對。一方面，流感病毒可能存在變異，新的變異毒株特性可能不同；另一方面，如果口罩佩戴方式不正確，比如沒有完全遮住口鼻、有較大縫隙等，也會影響防護能力。
在使用N90口罩預防流感病毒時，要確保口罩的質量合格且在有效期內。佩戴時需按照正確方法，將口罩緊密貼合面部，覆蓋住口鼻。同時，要注意口罩的使用時長，長時間使用後口罩的防護性能可能下降，需及時更換。若自身屬於流感高危人群，如老年人、兒童、免疫力低下者等，即便佩戴了N90口罩，也建議做好其他防護措施，如減少前往人員密集場所等。
