陰部毛孢子菌病應與念珠菌病、花斑糠疹、脂溢性皮炎、紅癬、腋毛癬等進行鑒別。
1.念珠菌病：念珠菌是一種常見的條件致病性真菌，可侵犯皮膚、黏膜及內臟等多個部位。在陰部，念珠菌感染可引起外陰陰道念珠菌病，表現為外陰瘙癢、灼痛，陰道分泌物增多，呈豆腐渣樣。陰道黏膜紅腫，可見白色假菌絲。通過真菌學檢查，可發現念珠菌的芽生孢子及假菌絲，有助於與陰部毛孢子菌病鑒別。
2.花斑糠疹：由馬拉色菌感染引起，好發於胸背部、頸部、上臂等皮脂腺豐富部位，也可累及陰部。皮損表現為圓形或類圓形的淡褐色、灰白色斑疹，表面有細小鱗屑，真菌鏡檢可見馬拉色菌的孢子及菌絲，與陰部毛孢子菌病的病原菌及臨床表現有所不同。
3.脂溢性皮炎：是一種常見的慢性炎症性皮膚病，好發於頭面、胸背等皮脂腺豐富區域，陰部也可受累。表現為皮膚紅斑、油膩性鱗屑，可伴有瘙癢。其發病與皮脂腺分泌旺盛、馬拉色菌感染等多種因素有關，與陰部毛孢子菌病的病因及表現存在差異。
4.紅癬：由微細棒狀桿菌引起，主要發生在皮膚褶皺部位，如腹股溝、腋窩等，陰部也可發病。皮損為境界清楚的紅斑，表面有少量鱗屑，伍德燈下可見珊瑚紅色螢光，通過細菌學檢查可明確診斷，從而與陰部毛孢子菌病相鑒別。
5.腋毛癬：由纖細棒狀桿菌感染腋毛引起，主要累及腋毛，偶爾也可波及陰毛。表現為腋毛或陰毛上出現黃色、黑色或紅色的結節，毛乾易折斷。通過直接鏡檢可發現結節內的細菌，與陰部毛孢子菌病不難鑒別。
對於陰部出現的疑似病變，應及時就醫，進行詳細的檢查和診斷，明確病因後採取針對性的治療措施，避免自行用藥延誤病情。
