肝囊腫的治療方法有藥物治療、穿刺抽液治療、介入治療、中醫治療、手術治療等。
1.藥物治療：對於較小且無症狀的肝囊腫，部分藥物可起到一定輔助作用。如熊去氧膽酸膠囊，能調節膽汁成分，可能對肝囊腫的發展有一定抑製作用；多烯磷脂酰膽鹼膠囊，可保護肝細胞，改善肝臟代謝，利於囊腫周圍肝細胞的修復；還原型谷胱甘肽片，具有抗氧化作用，能減輕肝臟的氧化損傷，從而對肝囊腫的病情有一定幫助。均需遵醫囑使用。
2.穿刺抽液治療：當肝囊腫較大並產生壓迫症狀時，穿刺抽液可緩解症狀。通過超聲引導下將穿刺針插入囊腫內，抽出囊液，減輕囊腫對周圍組織的壓迫。因為抽出囊液後，囊腫體積減小，能降低對肝臟及周圍臟器的壓迫，改善患者不適。
3.介入治療：對於不能耐受手術或不願手術的患者，介入治療是一種選擇。如在影像設備引導下，向囊腫內注入硬化劑，破壞囊腫的內皮細胞，使囊腫逐漸萎縮。因為硬化劑能使囊腫壁發生無菌性炎症，導致囊壁粘連、閉合，從而達到治療肝囊腫的目的。
4.中醫治療：中醫可通過辨證論治來調理肝囊腫。如服用中藥方劑，常用柴胡疏肝散等，能疏肝理氣，改善肝臟的氣血運行，對肝囊腫有一定的調理作用；也可採用針灸等方法，刺激穴位，調節臟腑功能，促進肝臟的氣血暢通，緩解肝囊腫引起的不適。
5.手術治療：對於巨大肝囊腫、囊腫合併出血或感染等情況，手術治療是有效的方法。如囊腫開窗術，切除部分囊腫壁，引流出囊液，使囊腫與腹腔相通，讓囊液逐漸被吸收。因為手術能直接去除囊腫或改善囊腫的病理狀態，從根本上解決肝囊腫帶來的問題。
患者應保持良好的生活習慣，飲食清淡，避免過度勞累和劇烈運動，定期進行肝臟超聲檢查。若發現肝囊腫有增大、出現疼痛等異常情況，應及時就醫。
