通常情況下，支氣管鏡檢查不會有後遺症。
支氣管鏡檢查是一種將細長的支氣管鏡經口或鼻置入患者的下呼吸道，即經過聲門進入氣管和支氣管以及更遠端，直接觀察氣管和支氣管的病變，並根據病變進行相應的檢查和治療的方法。在正規操作下，它對診斷和治療多種肺部及氣道疾病有重要意義。比如對於不明原因的咯血，通過支氣管鏡可以直接觀察出血部位，明確病因，為後續的精准治療提供依據；對於肺部佔位性病變，能獲取病變組織進行病理檢查，以確定病變的性質，這對於制定合理的治療方案至關重要。而且在一些肺部感染性疾病的診斷中，支氣管鏡可以深入到病變部位，採集分泌物進行病原學檢查，有助於明確病原體，從而選擇敏感的抗菌藥物進行治療。
在檢查後，可能會出現一些短暫的不適，如咽喉部疼痛、聲音嘶啞等，這主要是因為支氣管鏡在插入過程中對咽喉部黏膜造成了一定的刺激，一般經過休息和適當的對症處理後，這些症狀會在短時間內自行緩解，不會對身體造成長期的不良影響。
進行支氣管鏡檢查前需告知醫生自身的病史、過敏史等信息，檢查後要按醫生的囑咐休息和飲食，避免劇烈運動和刺激性食物。
