上呼吸道感染的病原體主要包括病毒和細菌兩大類。其中，最常見的病毒包括流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒等；而常見的細菌則包括肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、卡他莫拉菌等。
病毒是引起上呼吸道感染的主要病原體之一。流感病毒是一種RNA病毒，分為甲型、乙型和丙型三種亞型。其中，甲型流感病毒變異性較大，容易引起流行性感冒。腺病毒是一種DNA病毒，可引起急性上呼吸道感染、結膜炎等症狀。呼吸道合胞病毒則是一種RNA病毒，主要感染嬰幼兒和老年人，導致嚴重的下呼吸道疾病。
細菌也是引起上呼吸道感染的重要病原體之一。肺炎鏈球菌是一種革蘭氏陽性球菌，可引起肺炎、中耳炎、鼻竇炎等多種疾病。流感嗜血桿菌是一種革蘭氏陰性桿菌，可引起喉炎、扁桃體炎、支氣管炎等疾病。卡他莫拉菌則是一種革蘭氏陰性桿菌，可引起鼻咽部炎症、喉炎等症狀。
其他微生物如真菌、支原體等也可能引起上呼吸道感染。例如，白色念珠菌是一種常見的真菌，可引起口腔、咽喉等部位的感染；肺炎支原體則是一種介於細菌和病毒之間的微生物，可引起肺炎、支氣管炎等疾病。
在治療上呼吸道感染時，需要根據不同的病原體選擇合適的藥物進行治療。常用的抗病毒藥物有利巴韋林、奧司他韋等；抗菌藥物有青霉素類（如阿莫西林）、頭孢菌素類（如頭孢克肟）等；抗真菌藥物有氟康唑、伊曲康唑等。
