腎囊腫手術三個月後還疼，可能是過度勞累、傷口未愈合、增生性瘢痕、腎結石、腎囊腫復發等。沒有統一的治療方法，需要到醫院就醫，在醫生指導下進行個體化治療。
1.過度勞累：手術後患者需要靜養一段時間，幫助身體恢復。如果手術後勞累過度，身體沒有完全恢復時，可能會導致腰肌勞損，繼而感覺到疼痛。可以通過冷敷、熱敷等方式緩解，也可以遵醫囑服用塞來昔布膠囊、布洛芬膠囊等。
2.傷口未痊癒：如果沒有注意術後傷口護理或患者自身體質較差，術後三個月時，傷口沒有完全愈合時，會引起較為明顯的疼痛。需要由專業醫生對傷口進行清創、消毒，然後進行包扎。
3.增生性瘢痕：如果術後沒有注意飲食，或者自身屬於瘢痕體質，可能會導致傷口愈合的瘢痕出現增生，會引起皮膚凸起、疼痛等。可以遵醫囑通過咪喹莫特乳膏、積雪苷霜軟膏藥物治療。
4.腎結石：指的是尿中的一些成分在腎臟內形成結石，會引起腰痛、血尿等。可以遵醫囑通過體外衝擊波碎石術、經皮腎鏡取石術等方法治療。
5.腎囊腫復發：腎囊腫是成年人腎臟比較常見的結構異常性疾病，可能會因飲食不當、藥物刺激等因素出現復發，甚至會導致疼痛、血尿、蛋白尿等。需要遵醫囑通過腹腔鏡下手術進行治療，必要時要進行腎囊腫切除術。
由於引起的誘因不同，具體的治療方法會有所差異，建議患者到醫院就醫，在治療期間積極配合醫生，有利疾病控制。
