人體長期連續使用甲氨蝶呤對藥物的存在產生適應。如果突然停藥大概率發生停藥反應，主要表現是症狀反跳，除症狀變回原樣外，也有加重的可能性。所以要慢慢停藥。
甲氨蝶呤是抗葉酸類抗腫瘤藥，同時也是葉酸還原酶抑制劑藥物之一。它能抑制二氫葉酸還原酶，使其不能變成具備活躍性強的四氫葉酸，從而促使嘌呤核苷酸和嘧啶核苷酸的生物合成。它通過抑制DNA生物合成起作用，從而防止細胞擴增。
甲氨蝶呤也被認為是治療類風濕關節炎的錨定藥物。所謂「錨定藥」，是指治療中「有條件用，沒有條件創造條件用」的首選藥物。在許多風濕免疫性疾病（如類風濕關節炎、銀屑病關節炎、自身免疫性腸病、系統性紅斑狼瘡等）中，其發病的一個重要原因是淋巴細胞的不受控制的增殖。淋巴細胞大量增殖，它們可以產生針對自身組織的抗體，還可以分泌大量細胞因子，這些最終導致身體機能損傷。而甲氨蝶呤能抑制淋巴細胞過度增殖，有效控制風濕免疫性疾病。
惡性腫瘤是由不受控制的惡性細胞增殖引起的。甲氨蝶呤抑制細胞增殖，同時具有抗腫瘤和抗風濕作用。如果停藥，需要在醫生的監督下進行適當的檢查，以便醫生準確評估疾病的活動性和整體身體狀況。要始終遵醫囑，不建議私自或盲目停藥，以免延誤病情。
