扁桃體和懸雍垂的位置、形狀及作用是不同的，可以明確區分。
1.位置：扁桃體和懸雍垂都在咽喉部位，扁桃體是在齶舌弓跟齶咽弓之間。懸雍垂的位置在軟齶的游離緣處，屬於軟齶中間，也就是扁桃體的中間。
2.形狀：扁桃體外部有一層被膜覆蓋，放大後能夠看到裡面有多個隱窩，這些就是淋巴組織。隱窩的黏膜能夠分泌腺體細胞，漱口或者吃東西時，分泌物會反復循環。懸雍垂屬於肌質結構，從口腔軟齶的後緣往下凸起。
3.作用：扁桃體屬於免疫性的活性器官，有免疫功能，可以產生淋巴細胞。扁桃體還有反射功能，可誘發多種反射，影響神經系統或者心血管等。扁桃體還和內分泌有關係，發炎時容易引起甲狀腺腫大，還可能繼發甲亢。懸雍垂的作用是吞咽時封閉口咽及鼻咽，避免水及食物反跳到鼻腔里，還可協助發音和共鳴。懸雍垂肥大或鬆弛時，可引起咽腔狹窄，造成睡眠時打鼾，甚至引起睡眠呼吸性暫停。
扁桃體和懸雍垂在咽喉中非常重要，一旦發炎腫大，影響很大，平時應注意預防感染。
