按摩頭部一般不會有明顯的危害，但是個人體質較差或按摩不當，則有可能會出現頭痛、月經量增多、月經週期延長等。
1.頭痛：經期是女性正常的生理過程，一般具有一定的規律性。如果在經期進行按摩時，按摩的力度過大，則會加重對於頭部的刺激，也會對於痛覺神經造成刺激，所以會引起頭痛。
2.月經量增多：經期在進行按摩的過程中，會促進機體的血液循環。如果此時按摩的頻率或力度過大，則會引起月經量增多。
3.月經週期延長：在月經期間由於體內激素水平的變化，會使陰道出現流血現象，如果個人體質較差，在進行頭部按摩時有可能會出現身體不耐受，隨之會引起週期延長。
經期按摩頭部除了有以上常見危害外，還有可能會出現痛經等，在經期應避免過度按摩。如果出現不適症狀後，也可以對於腹部進行熱敷，可以起到明顯的改善作用。在經期飲食應注意營養均衡化，避免食用生冷性食物，比如冰鎮西瓜、冰激凌等。
