西沙必利和莫沙必利之間並不存在哪個效果好，主要依病情而定，效果因人而異，但臨床上莫沙必利更常用。
西沙必利和莫沙必利都是促胃腸動力藥，沒有誰效果好之說，都適用於功能性消化不良，但也有區別。西沙必利還可用於X線、內鏡檢查沒有異常的上消化道不適和輕度反流性食管炎，其清除半衰期慢，老年和兒童慎用，對本品過敏者、心臟病、心律失常、嬰幼兒等禁用。莫沙必利適用於胃食管反流性疾病、糖尿病性胃輕癱等，其兒童用藥沒有明確禁忌、老年用藥需注意觀察，對本品過敏者禁用。綜合以上，莫沙必利適用症更多、適用人群更廣、禁忌症相對少，臨床更常用。
兩者之間除了適用人群範圍、禁忌症有明顯區別外，在不良反應方面也有區別。西沙必利常見的不良反應有腹部痙攣、腹鳴、腹瀉等，偶見皮疹、蕁麻疹、支氣管痙攣，極少數也有心律失常。相比西沙必利，莫沙必利的藥物不良反應比較輕微，可能出現腹瀉、腹痛、口乾、皮疹、倦怠、頭暈等不良反應。因此，從副作用方面考慮，莫沙必利在臨床更適用。
若需要服用西沙必利或莫沙必利，建議遵醫囑服用，不可自行隨意用藥。
