小腦囊腫手術風險是否大需要根據囊腫的位置決定，不可一概而論。如果囊腫的位置是腦內表皮樣囊腫，一般手術的風險是比較小，但是如果是顱內深部的囊腫，則風險是比較大。
腦內表皮樣囊腫多是胚胎晚期的時候出現腦細胞，在腦細胞形成的時候將表皮帶入所造成。腦內表皮樣囊腫和周邊的組織粘連相對較輕，進行手術切除的時候出血量也相對比較小，並且操作起來比較簡單，手術難度較小，所以風險也比較小。
但如果顱內深部的囊腫則風險就比較大，在進行手術的時候會傷到周邊的血管、神經等，並且會有較大的幾率造成出血或者神經功能受到損害，所以風險相對腦內表皮樣囊腫來說是比較大。無論是哪一類小腦囊腫，手術之後需要注意定期復診檢查，以免出現病情復發或囊腫持續增長對腦幹造成壓迫等。
患有小腦囊腫術後應注意多休息，避免過度的勞累、運動等，避免從事體力勞動，以免活動的過程中造成顱內壓升高，不利於身體健康。
